自闭症患者病情从轻到重有有一个逐步发展的过程，至今中西医还没有特效的治疗方法。有些患者随着年龄增长症状会逐步减轻，严重者将影响正常脑功能，随着年龄增长，进入青春期会伴发不同程度的精神障碍。
患自闭症的儿童，一般病程都比较长，所以用药治疗的时间也相对长一些。家长应注意常年运用西药治疗时药物的副作用，如锥体外系反应、肝功能及心血管以及血象的异常，因此，西药治疗要慎重。
西药对自闭症的患儿确实具有一定控制作用，但长此下去，会形成严重的依赖性、成瘾性，对神经细胞会造成严重损害，故西药治疗不可取。
中医认为目前自闭症除了服中药治疗外，还可以针灸还要配合个别化训练、特殊教育、感觉统合训练，等。其实中药在治疗脑病方面，不具有优势，因为中药的分子过大，不能有效的穿透人体的血脑障碍，故中医治疗自闭症效果不理想，而针灸治疗即让孩子痛苦不堪，家属也跟着纠心，其实此病的原发病灶在大脑，这些治疗不能说没有效果，但只能起到暂时性的缓解。
对于自闭症的治疗，独特的藏医学有绝招：公元八世纪藏医古典巨著《四部医典秘诀版》胚胎篇中描述：婴儿能够成熟，有众多因素参与。母亲、脐带、胎儿，如同水塘、水渠与庄稼的联系；母亲好比水塘，脐带好比水渠，胎儿好比庄稼，这一形像的比喻，验证了藏医对自闭症治疗的独特性。
